Le ravin de Valbois entaille le premier plateau du Doubs. Les érosions souterraines et aériennes ont formé cette reculée, relief typiquement jurassien. Entourés de falaises calcaires abruptes, le fond est constitué d’argiles imperméables et les versants d’éboulis de pente.
Ce ravin constitue un site privilégié pour la faune et la flore par la grande diversité des milieux qu’il présente : versants forestiers contrastés (adret et ubac), pelouses calcicoles, fond de vallon frais et humide, ruisseau et cascade. Ainsi, sur 234 ha, la Réserve naturelle accueille la majorité des milieux naturels de la haute et moyenne vallée de la Loue. Plus de 6 500 espèces végétales et animales ont été inventoriées sur ce site protégé.
Deux parcelles forestières ne sont pas exploitées depuis 1910. Une ambiance toute particulière y règne, marquée par la présence de vieux arbres et une grande quantité de bois mort.
Faune
Les invertébrés ont fortement contribué à la mise en réserve de ce site nationalement connu pour ses papillons (plus de 900 espèces). Plusieurs d’entre eux, aujourd’hui rares en France, sont encore présents : bacchante, azuré du serpolet, dryade, etc. D’autres insectes comme l’ascalaphe soufré et la petite cigale des montagnes marquent le caractère méditerranéo-montagnard du site. Le cordulégastre bidenté (libellule) fréquente les suintements des pentes bien exposées.
Outre les insectes, de nombreux mammifères trouvent dans la Réserve naturelle abris et nourriture : lièvre brun, chat forestier et chamois, nombreux mustélidés (blaireau européen, martre des pins) et chauve-souris (barbastelle commune, grand rhinolophe). Quant au lynx boréal, il y fait quelques incursions.
Près de 70 espèces d’oiseaux nicheurs ont été inventoriées, dont le faucon pèlerin, le grand-duc d’Europe, le milan royal, le pic noir, la pie-grièche écorcheur, l’alouette lulu ou encore l’engoulevent d’Europe.
La diversité des habitats offrent aussi refuge à de nombreux amphibiens comme la salamandre tachetée ou le sonneur à ventre jaune. Huit des douze espèces de reptiles franc-comtoises sont présentes, dont la vipère aspic et la coronelle lisse.
Enfin, le ruisseau accueille une population de chabot et de truite fario.
Flore
Les plantes de la Réserve naturelle représentent un tiers de la flore du département et 13 sont protégées au niveau régional.
Sur les corniches, pousse la végétation la plus xérophile (adaptée à la sécheresse) avec l’anthyllide des montagnes, le nerprun des rochers ou encore le thésium divariqué.
Les falaises et les éboulis recèlent l’ibéris intermédiaire et Tortella nitida, une mousse protégée en Franche-Comté.
Dans le fond du ravin frais et humide, des plantes montagnardes ont élu domicile : l’adénostyle des Alpes, la petite pyrole, la grassette commune, etc.
La découverte récente de quelques pieds de vigne sauvage (Vitis vinifera subsp. sylvestris), espèce protégée en France, contribue encore un peu plus à l’intérêt majeur de ce site naturel.